W związku z tym, że prace magisterskie zajmują minimum około siedemdziesięciu do osiemdziesięciu stron, a często nawet wiele więcej, odpowiednia numeracja rozdziałów i podrozdziałów jest bardzo istotna z punktu widzenia przejrzystości pracy dyplomowej.
Najczęściej spotykanymi numeracjami rozdziałów prac magisterskich są te w formie liczb arabskich i rzymskich. Poszczególne rozdziały są oznaczane słowem Rozdział i numerem rzymskim. Następnie podrozdziały są wyszczególnione za pomocą cyfr arabskich tak samo dzieję się z podrozdziałami zawartymi w podrozdziałach i analogicznie tak dalej.
Zagłębiając się w dalsze podrozdziały można również stosować oznaczenia alfabetyczne zamiast tylko numerycznych. Dopuszczalne są również numeracje mieszane tak zwane alfanumeryczne.
Jednak według mnie w pracy magisterskiej najsensowniej jest się trzymać z góry ustalonej numeracji. To znaczy jeśli ktoś zdecydował się na numerację podrozdziałów liczbami arabskimi to niech konsekwentnie stosuje takie oznaczenie. Natomiast jeśli ktoś zaczął numerację za pomocą alfabetu to niech również konsekwentnie stosuję ją do wszystkich podrozdziałów. Takie rozwiązanie sprawi iż unikniemy zamieszania i przejrzystość pracy będzie większa.